Накладання морфем — це максимально глибинний рівень взаємопроникнення морфем. У рамках фузії воно протиставляється мінімальному, яким є морфологічне чергування.
Не будь-яке чергування стає морфонологічним, а тільки те, яке зумовлене граматичною позицією, виникає в процесі формо- і словотворення між твірними морфами і виконує сполучувальну функцію. Її може набути лише граматичне (морфонологічне) чергування.
Внаслідок граматичних чергувань змінюється звукова будова морфів, внаслідок фонетичних звукова будова морфів не змінюється. Морфонологічним є те чергування, яке призводить до зміни звукової будови морфів: пор. вода — воді (д : д') — фонетичне (неморфонологічне) чергування (вод-: вод'-), нога—нозі(г: з´) — морфонологічне чергування (ног-: ноз'-), яке здатне виконувати морфотактичну функцію. У процесі словотворення морфонологічне чергування в основі спричиняється твірним морфом. Якщо він здатний викликати граматичне чергування в основі, то він здатний і з'єднатися з нею. Семантично корінь рук- і прикметниковий суфікс -н-ий можуть вступити у словотвірні зв'язки для утворення прикметника за моделлю груди — грудний, ліс — лісний. Проте на заваді стоїть фонотактика, яка в цій позиції не допускає звукосполуки (кн). Усунути цю перешкоду може граматичне чергування к: ч, якщо його здатний спровокувати твірний морф -н-, тому що фонотактика допускає звукосполуку (чн). Нинішній морф -н- у давньоруській мові мав будову -ьн-, перед яким г, к, х змінювалися на ж, ч, ш. Отже, морф -н- здатний викликати чергування к : ч і з'єднуватися з аломорфом руч- (ручний). Те саме: рук+иця > ручиця, рук+ка > ручка, ног+ний > ножний, ног+ка > ніжка. Ті твірні морфи, які здатні викликати в корені чи основі морфонологічні чергування, називаються чергуючими (-н-ий, к-а, -иц-я). Ті морфи основ, в яких виникають морфонологічні чергування, спричинені дериватором, називаються чергованими (рук-, руч-, руц'-; ног-, нож-, ноз'-; попіль-нич/к+ка, крин-иц/ч+анський, сив-ух/ш+ний, золот-ух/ш+ний, син-юх/ш+ний). Є суфікси, які не викликають чергування, наприклад суфікс відносних прикметників -ов- (парк — парковий, береза — березовий, верба — вербовий). Це нечергуючий суфікс.
Морфонологічні чергування є регулярними. До них належать: г:ж — ліжник, ложка, сніжина, бережок, бережанин; к:ч — прибічник, вовченя, трієчка, ручний, неньчин; х:ш — вушко, вушний, вушанка, мачушин, пташеня; ц:ч — синичник, безкінечний, половчин; ш:с — чувасці, товариство, сиваський, сивасці; д:ж — верблюженя, огорожа, урожай, наїжений; б:бл — розрублений, зваблений; п:пл — обчіпляний, куплений; в:вл — знекровлений, скривлений; м:мл — обрамлений, задимлений; о:# (нульовий звук): сон — снитися, стрючок — стрючковий; е:# (нульовий звук): день — днина, орел — орлиця, орля.
Вони змінюють фонемну будову морфів, створюючи тим самим умови для сполучуваності твірних одиниць, не знищуючи кордонів між ними.
У запозичених основах у процесі словотворення відбуваються нерегулярні морфонологічні чергування, які також змінюють фонемну будову морфів і сприяють їх морфотактиці. До нерегулярних чергувань належать:
с: т перед -ичн-ий, -ивний: хаос — хаот-ичний, еліпс — еліпт-ичний;
з: т перед -ичн-ий, -ик-: гіпноз — гіпнот-ичний, невроз — неврот-ик, склероз — склерот-ик;
зм: ст перед -ичн-ий: сарказм — саркаст-ичний;
к: ц перед -ист: клініка—клініц-ист, публіка—публіц-ист;
с: т перед -увати: дискусія — дискут-увати, рефлекс — рефлект-увати;
з: д перед -увати: претензія — претенд-увати, суспензія — суспенд-увати;
ц:т перед -увати: інспекція — інспект-увати;
з: н перед -увати: депозит — депон-увати, транспозиція — транспонувати.
Чергування і накладання як різновиди фузії регулюють і реалізують морфонологічний процес сполучуваності твірних морфів. Фузія приводить морфемний вузол, що формується в процесі творення слова, до відповідності з артикуляційно-вимовними нормами української мови.
Однак фузія має й "вузькі" місця: формує морфемні вузли, що ускладнюють артикуляцію і вимову, стирає межі між морфами, затушовує і нерідко спотворює семантику твірного слова і т. ін. Все це суперечить тенденціям до спрощення артикуляції, обмеження ускладнень у структурі слова, до збереження чітких меж між морфами і т. ін. Ці негативні явища фузії усуває інтерфіксація, яка з фузією перебуває у відношеннях додаткової дистрибуції.
